BREVET FRA GERTRUD tager udgangspunkt i det, som hovedpersonen Martin Brenner oplever, da hans mor, Maria, dør. Han får et brev, der indkalder ham til møde hos en advokat. I og for sig en almindelig hændelse når ens forældre dør og måske har efterladt sig et testamente. Men det brev, som advokaten læser op for Martin Brenner, lægger en bombe under hele hans liv.

Moren afslører ikke blot, at hun i virkeligheden hed Gertrud og ikke Maria, men også at hun var jøde, og at hun var en af de overlevende fra koncentrationslejren Auschwitz. Da hun kom til Sverige efter Anden Verdenskrig, antog hun en ny identitet, med hjælp fra advokaten og en rabbiner der hele livet forblev en af hendes nære venner.

Bag morens beslutning om at holde dette skjult for sønnen ligger ønsket om at skåne ham. Hun har villet beskytte ham mod den vold og ydmygelse, som jøder ofte udsættes for og for den angst for forfølgelse, som hun selv i hemmelighed har båret med sig hele livet. Hendes handling er således bestemt af kærlighed og generøsitet. Så meget desto voldsommere rammer sandheden efter hendes død Martin Brenner, der nu selv skal beslutte, om han vil vedkende sig sin jødiske identitet, eller om han vil fortsætte med at leve sit liv som om intet var hændt.

Hvem er han egentlig? Det er det eksistentielle spørgsmål, der begynder at plage den midaldrende genetiker og ateist, som skridt for skridt møjsommeligt har bygget sin tilværelse op. Han er blevet leder af et fremgangsrigt dna-laboratorium og lever et komfortabelt og lykkeligt familieliv med en nærmest perfekt hustru, som er læge, og en højtelsket tolvårig datter. Martin Brenner rammes af tvivl. Har han ret til at gribe ind i hustruens og – især – datterens liv ved pludselig at afsløre sandheden om den jødiske identitet? Og kan han selv se sig i øjnene hvis han fortsætter morens hemmelighedskræmmeri? Kan han fornægte overfor sig selv at han er jøde?

Gradvis udvikler historien sig til en tragedie, som ingen havde kunnet forudsige.